#aaltohelsinki2022

[aaltohelsinki]

A gold medal for QBlock

The last few weeks passed by in a blink of an eye. We had the wiki freeze in which all our final data and contributions of our project are stored now. You can find our wiki page here: https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/index.html. 

But in addition to writing constantly for several days and uploading everything to the wiki page, we were also preparing for our final presentation at the Grand Jamboree. We prepared the presentation and were fortunate enough to present it to not only our PIs and advisors, but also to the previous Aalto-Helsinki teams, which provided us with helpful feedback to improve our presentation. We were e.g. advised to keep the storyline, omit additional information and focus to convince the judges of our project. With all this fantastic help, we were able to assemble a presentation that we could be proud of. However, while working on the presentation we also worked on the design and content of our poster, which would be displayed on a screen in our booth during the Grand Jamboree. The poster was designed to be interactive and you could retrieve information based on the steps you wanted to refer to (picture below). 

We spent nearly a week in Paris and attended the Grand Jamboree, where we got to know many different iGEM teams. The Grand Jamboree was only a week ago, but already seems like a haze. Our team was attending it for three days with a full programme in which we attended workshops, networking events, presentations of other teams, booths of other teams and presented our own projects to people visiting our booth. The atmosphere at the expo was very welcoming and friendly! During both the expo pitching and judging session we were able to show the impact of our project and the work we have performed in the last 9 months to realise our project. Our work convinced the judges and we were awarded with a gold medal for our work, which was the goal that we set in the beginning of our iGEM project! Receiving this award was surreal, since it somehow determined the end of this wonderful and stressful project, but also relieving, because we achieved what we set out. 

In general, the Grand Jamboree was a fantastic event, because we were surrounded by innovation and it was shown again what broad field synthetic biology is by the diversity of projects from 356 different teams around the world. We were able to learn a lot from this competition and also think about both local and global problems differently as we were shown new ways of solving them. It was especially wonderful to see the University of Copenhagen team win the iGEM competition in the overgrad division, which had a lot of support from our PI Markus Linder. 

So, is iGEM over for us now? At least the Grand Jamboree has passed, but iGEM has not fully finished for us. We are going to present at one of the events of this year’s Slush and besides that we will assemble a new team of pioneers in iGEM to continue the Aalto-Helsinki team. Even though the Aalto-Helsinki show must go on, we will stay friends for iGEM brought us together and our Aalto-Helsinki team turned us into friends. 

Thank you for reading our blog this far and accompanying us, the Aalto-Helsinki 2022 team on our iGEM journey. We encourage you to be part of the Aalto-Helsinki 2023 team and can’t wait to have the Aalto-Helsinki team continue the journey!

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Viime viikot ovat kiitäneet ohi silmänräpäyksessä. Tämän vuoden iGEM-projektien wiki-sivut jäädytettiin hetki sitten, joten käykää ihmeessä tutustumassa meidän wikiimme osoitteessa https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/index.html.

Samalla kun ahkeroimme wiki-sivun parissa, valmistauduimme myös esittämään työmme Grand Jamboree-loppukonferenssissa. Ennen Pariisiin lähtöä saimme kuitenkin mahdollisuuden esittää lopullisen esityksemme niin meitä auttaneille PI:lle ja advisoreille kuin myös Aalto-Helsinki -alumneille, mikä auttoi meitä hiomaan vielä viimeiset yksityiskohdat paikalleen. Saamiemme vinkkien perusteella päädyimme keskittymään esityksen tarinallisuuteen sekä siihen, että projektimme vakuuttaa tuomarit haluamallamme tavalla. Lopulta käsissämme oli esitys, josta pystyimme todella olemaan ylpeitä. Esityksemme viimeistelyn lisäksi työn alla oli myös konferenssiständillä esille laitettava, interaktiivinen posteri (kuvassa).

Vietimme lähes viikon Pariisissa Grand Jamboree -konferenssimatkalla, jonka aikana tapasimme lukemattoman määrän muita iGEM-tiimejä. Vaikka Grand Jamboreesta on ehtinyt vierähtää vasta viikko, koko matka tuntuu jo hieman utuiselta. Tiimimme osallistui konferenssiin kaikkina kolmena päivänä, jotka sisälsivät mm. erilaisia työpajoja, verkoistoitumista, muiden tiimien esitysten seuraamista sekä heidän ständeillään vierailua ja yleistä ajatusten vaihtoa. Tunnelma konferenssihallissa oli todella lämminhenkinen ja vastaanottavainen! Sekä ständillä tekemämme pitchauksen sekä tuomarointisession aikana pystyimme näyttämään kaiken sen, mitä olemme valmistelleet nämä viimeiset 9 kuukautta. Kaikesta päätelle projektimme vakuutti tuomarit, sillä saimme lopulta mitaleista kirkkaimman! Olimme asettaneet kultamitalin tavoitteeksemme jo projektin alussa, joten oli huikeaa saavuttaa se, minkä eteen olemme tehneet kovasti töitä.

Kokonaisuudessaan Grand Jamboree oli upea tapahtuma, sillä pääsimme sukeltamaan hetkeksi innovaatioiden maailmaan ja näimme jälleen, kuinka laaja-alaisesti synteettistä biologiaa voi soveltaa. Tämän vuoden iGEM-tiimien osallistujamäärä oli 356, mikä takasi suuren kirjon erilaisia projekteja. Tämä kilpailu oli ainutkertainen kokemus, joka opetti meille kaikille paljon. Lisäksi oli hienoa päästä todistamaan kilpailun sisäisiä menestystarinoita, kuten overgrad-sarjan voittajaa, University of Copenhagen-tiimiä, jonka projektissa PI:mme Markus Linder on toiminut suurena apuna.

Onko iGEM siis osaltamme nyt ohi? Grand Jamboreesta puhuttaessa kyllä, mutta muuten meillä on vielä hieman iGEM-aiheista tekemistä edessä. Tulemme esimerkiksi esiintymään muutaman viikon päästä pidettävässä Slushissa, jonka lisäksi tehtävänämme on rekrytä ensi vuoden Aalto-Helsinki -tiimi. Vaikka Aalto-Helsinki jatkaa ensi vuonna uudella kokoonpanolla, meidän tiimimme tulee jatkamaan matkaa ystävinä myös iGEMin jälkeen.

Koko Aalto-Helsinki 2022 tiimimme haluaa kiittää teitä kaikkia matkaamme seuranneita. Ehkä sinusta voisi tulla osa ensi vuoden tiimiä? Maltamme tuskin odottaa, että pääsemme todistamaan Aalto-Helsinki -tiimin matkan jatkumista!

[aaltohelsinki]

The end is near!

Hello once again and we are glad for the start of the autumn season! The 2022 summer came to a close but the work has not yet finished! We have been working hard to conclude our lab tasks during September whilst making our most significant advances thus far. Initially, we thought that our lab-workload would be less when the semester began. However, surprisingly, this month has been the most productive and intense we had – which makes sense in virtue of wrapping up everything!

Last week we were able to finally accomplish one of the biggest experiments of our iGEM project - the ribosome display method from start to finish in just a couple of days! It all began with the in vitro protein synthesis and ending with the passing of fully reverse transcribed samples to the Institute for Biotechnology for sequencing at the University of Helsinki. Currently, we are waiting for the final results to arrive and with such data we plan to discover the most effective DARPin molecule that binds to our target of interest (the AIP peptide).

Indeed, we did not manage to complete everything without certain setbacks and a few do-overs, but in the end, we successfully performed every planned task and we can proudly affirm that we did this challenging method during our time in the lab!

Extra assignments that have occupied our days and weeks include the workshop for children at Heureka in collaboration with the Aboa iGEM 2022 team, the Alumni sitsit, and a presentation in the Science Basement on the 23rd of September at 14.30 at Redi Kalasatama. In addition to our important events and collaborations, we are attempting to get our wiki texts ready prior to October and provide our programming team enough time to finish the wiki webpage before the final deadline.

As you can tell already, we had a crazy summer that extended into the autumn! Nonetheless, we are incredibly happy to be on this journey together and experience all of these feelings. The thought of our wet lab work coming to a close feels odd but at the same time we are very excited to get to present our iGEM final work next month during the Grand Jamboree in Paris!

________________________________________________________________

Hei taas ja ihanaa syksyä! Kesä 2022 tuli päätökseensä mutta tiimimme työ ei ole vielä loppunut! Olemme tehneet syyskuun aikana ahkerasti töitä saadaksemme tuloksia laboratoriokokeistamme ja olemmekin edistyneet tämän kuun aikana eniten koko vuoden aikana. Alunperin luulimme työmäärän vähenevän kouluvuoden alkaessa, mutta yllättäen tämä kuukausi on ollutkin produktiivisin ja intensiivisin. Ehkä tästä ei olisi tarvinnut yllättyä, kun yritämme kuitenkin tämän kuun aikana saada kaiken päätökseen.

Viimeviikolla saimme päätökseen yhden isoimmista tavoitteistamme iGEM projektissamme, suorittaen ribosomi näytön alusta loppuun vain muutamassa päivässä! Aloitimme in vitro proteiinisynteesillä ja päätimme kokeemme antamalla käänteistranskriptoidut näytteemme Bioteknologian Instituutille, jossa ne sekvensoidaan. Nyt odotamme tuloksia sekvensoinnista, sillä tulosten avulla pyrimme valitsemaan parhaan mahdollisen DARPin molekyylin joka sitoisi kohdemolekyyliämme (AIP peptidi).

Me emme toki selvinneet tänne saakka ilman muutamia takapakkeja ja uusia yrityksiä, mutta lopulta suoritimme kaikki suunnitellut vaiheet ja voimme ylpeänä sanoa, että onnistuimme suorittamaan tämän vaikean metodin labrajaksomme aikana!

Tämän lisäksi olemme edistyneet labrassa myös bioreportterimme kanssa, kun saimme vihdoin kloonattua molemmat reportterimme osat plasmidiin. Ensimmäisen osan kloonaaminen plasmidiin ja plasmidin onnistunut transformoiminen E. coliin kesti useamman viikon. Nyt bioreportterimme on vihdoin valmis ja voimme siirtyä seuraavaan vaiheeseen, jossa testaamme bioreportterimme toimintaa AIP molekyylien kanssa.

Muita lähiaikojen aktiviteetteja ovat olleet lapsille suunnatut työpajat Heurekassa Aboa iGEM 2022 tiimin kanssa, alumnisitsit ja esitelmä Science Basementin kautta 23. syyskuuta kello 14.30 Redissä Kalasatamassa. Tärkeiden tapahtumien ja yhteistöiden lisäksi pyrimme saamaan kaikki wikitekstimme valmiiksi ennen lokakuuta ja antamaan ohjelmointitiimille riittävästi aikaa viimeistellä wikisivumme ennen aivan viimeistä takarajaa.

Kuten varmaan tässä vaiheessa voi jo päätellä, meillä on ollut hurja kesä joka jatkuu vielä syksyyn! Kaikesta huolimatta olemme niin onnellisia päästessämme jakamaan tätä matkaa yhdessä ja kokemaan näitä tunteita. Labratyöskentelymme loppuminen tuntuu omituiselta, mutta samalla olemme kovin innoissamme päästessämme esittelemään lopputulostamme ensi kuussa Grand Jamboreessa Pariisissa!