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plmikroskopie · 7 months ago

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kostenlos smart Mikroskopieren - kodierte Objektivrevolver, Axiocam 208/202 und Labscope

Alle Mikroskope der Serien Axiolab 5 sowie Axioscope 5/7 und Axiovert 5/7 sind intelligente Mikroskopie mit einem kodierten Objektivrevolver, der zum einen mit der Vollversion von ZEN ausgelesen werden kann, oder zusammen mit einer Axiocam 208 color /Axiocam 202 mono auch mit der kostenlosen Software Labscope.

Der Nutzen des codierten Objektivrevolvers liegt darin, dass die Software erfassen kann, welches Objektiv gerade ausgewählt ist und damit die Skalierung / den Maßstab automatisch anpassen kann – anstatt bei jeder Kameraaufnahme manuell auszuwählen, welches Objektiv, welche Vergrößerung bzw. Skalierung verwendet wird.

Lange gab es dafür nur die Option die Vollversion von ZEN oder ein eigenständiges kostenpflichtiges Modul dafür zu verwenden, mit der neuesten Version von Labscope gibt es nun aber auch eine Möglichkeit ’smarte Mikroskopie‘ und automatische Skalierungen ohne weitere Softwarelizenzen umzusetzen.

In unserem Shop sind alle Mikroskopie mit kodiertem Objektivrevolver mit folgendem Symbol gekennzeichnet:

#Mikroskopkamera #mikroskopsoftware #software

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plmikroskopie · 5 years ago

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Zeiss Service DVD 81 - Zen light/blue v3.1

Den Download zur neuen Zeiss Microscopy Service DVD Nr. 81 finden Sie bei unseren Downloads.

Die Release Notes zur neuen Version Zen light/Blue 3.1 finden Sie in diesem PDF-Dokument.

#download #Mikroskopiesoftware #mikroskopsoftware #software

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plmikroskopie · 8 years ago

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Kamerasoftware: Mikroskopielivestream mit OBS Studio - Open Broadcaster Software Studio

Der Funktionsumfang moderner Kameras ist beachtlich, um diese Möglichkeiten auch ausschöpfen zu können bedarf es allerdings der passenden Benutzeroberfläche. Bei Systemkameras mit Wechselobjektiv liegt das Augenmerk natürlich auf dem Menü und den Knöpfen am Gerät selbst, die Möglichkeit eine Kamera fernzusteuern wurde abgesehen von einem Fernauslöser, lange Zeit ignoriert. Im Zeitalter von Smartphones und Kameras mit WLAN ist das Thema neu wiederbelebt worden, doch meist entsprechen die Fernsteuerungsanwendungen eher einem Fernauslöser als einer vollwertigen Steuerung aller Einstellungen der Kamera.

Auch bei den meisten Mikroskop- und Industrie-Kameras ist man erstmal auf die Software des Herstellers angewiesen – je nach Anwendung gibt es aber auch oft noch weitere Möglichkeiten: viele Industriekamerasysteme liefern über eine USB-Verbindung in einer Windows-Umgebung nämlich ein DirectShow-Videosignal, das von vielen Anwendungen – nicht nur der Herstellereigenen – verarbeitet werden kann. Fast alle Streaming- und Videoschnittprogramme für Windows bieten die Möglichkeit eine DirectShow-Videoquelle einzubinden.

obsproject.com

Mikroskopkameras, DirectShow und eine etwas andere Art des Videoschnitts

Auch unsere eigenen Dokucam Mikroskopkameras übertragen ein DirectShow-Signal, das von vielen Windows-Anwendungen verarbeitet werden kann, so auch mit OBS Studio. Diese Anwendung ist gedacht zum Erstellen und Verwalten eines Livestreams; dazu bietet sie die Möglichkeiten, verschiedene Bild-, Video- und Tonquellen zu einem Livestream zu mischen, bzw. genauso auch wiederum als Video in Form einer Datei auf der Festplatte aufzuzeichnen.

So können Sie damit beispielsweise Live Mikroskopien und die Liveaufnahmen der Mikroskopkamera zusammen mit dem Bild und Ton ihrer Webcam oder eines Mikrofons, streamen. Oder soll der Ton seperat aufgezeichnet sein? Mit einer Logoeinblendung in der Ecke, oder zwischendurch ein bereits aufgezeichnetes Video oder Standbild einblenden? Oder doch auch mal ein Browserfenster oder gleich den ganzen Desktop einblenden?

Auch wenn die meisten Mikroskoparbeiten eher selten als Livestreamen ausgestrahlt werden zeigt dieses Programm eine Fülle an Möglichkeiten zur Verarbeitung verschiedener Quellen abseits der klassischen Videoschnitts und ermöglicht dennoch die Erstellung eines Videos, das ganz klassisch weiterverarbeitet werden kann.

OBS Studio für die P+L Dokucam konfigurieren

Am Beispiel einer P+L Dokucam erklären wir die Funktionsweise und Einstellungen der in OBS Studio ():

Nach Download und Installation und dem Start des Programms starten wir mit unserer ersten Szene, zu der wir Medienquellen hinzufügen müssen, um diese benutzen zu können. Im Bereich „Quellen“ klicken wir auf das Menü mit dem Plus-Symbol und wählen im erscheinenden Menü „Videoaufnahmegerät“. Im neu erscheinenden Dialog wählen wir „Neu erstellen“ und vergeben einen Namen für die noch nicht eingebundene Mikroskopkamera. Nach der Bestätigung dieses Dialogs erscheint ein weiterer in dem wir die Kamera selbst sowie ihre Videoeinstellungen auswählen können.

In unserem Beispiel haben wir eine Dokucam Dunkelfeld, diese wird als Gerät „USB39 WUX74 F“ erkannt. Hinter dem Button „Video konfigurieren“ verbergen sich die Kameraeinstellungen, die leider nicht so komfortable wie in PLCapture sind. Die Voreinstellung ist, dass die Verstärkung des Signals automatisch reguliert wird, was einer automatischen Anpassung der Belichtungszeit entspricht. Für eine manuell eingestellte Belichtung deaktivieren Sie bitte die Checkbox „Autom.“ für die Verstärkung sowie Belichtung und wählen diese Werte manuell.

Außerdem müssen wir für ein Farbbild bei der Option „Auflösung/FPS Typ“ die Auswahl „benutzerdefiniert“ nehmen und als Videoformat „XRGB“ wählen. Nach der Bestätigung dieser Optionen sollte das Livebild der Mikroskopkamera auf der linken Seite in OBS Studio in eniem roten Rahmen zu sehen sein. Mit Hilfe der Rahmens können Sie das Kamerabild innerhalb des Streambildes verschieben und skalieren.

Nachdem Sie in den allgemeinen Programmeinstellungen (Datei-Menü > Einstellungen) ein Streamingziel festgelegt haben, starten Sie ihren Livestream mit dem Button „Streaming starten“. OBS Studio unterstützt neben dem Streamen auf einen eigenen Server auch das Streamen direkt an diverse bekannte und unbekannte Plattformen, die man nur in den Stream-Einstellungen aus einer Liste auswählen muss und mit dem passenden Streamschlüssel wird gesendet. Die Aufnahme in eine Datei erfolgt mit dem Button „Aufnahme starten“. Wo und in welchem Format das Video gespeichert wird, wird in den Einstellungen unter „Ausgabe“ festgelegt.

Für weitere Anleitungen und Tipps zu OBS Studio empfiehlt sich diese Kurzanleitung und ebenso ein Blick ins offizielle Forum. Besonders die Filter, mit deren Hilfe man einzelne Szenen manipulieren kann eröffnen vielfältige Möglichkeiten und auch der automatische Szenenwechsler ist ein sehr hilfreiches Werkzeug.

#anleitung #Kamera #Mikroskopiesoftware #Mikroskopkamera #mikroskopsoftware

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plmikroskopie · 8 years ago

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Das CZI-Dateiformat von Zeiss

CZI ist das Dateiformat von Zeiss für alle Mikroskopie-Imaging-Anwendungen von Axiovision bis ZEN. Die Bildinformationen selbst werden intern im JPG XR-Format gespeichert, das sowohl verlustfreie, als auch verlustbehaftete Kompression ermöglicht. Es gibt aber auch die Möglichkeit mehrere Aufnahmen für mehrdimensionale Bilder, Zeitreihen, Z-Stapel und virtuellen Slides in eine CZI-Datei zu speichern. Außerdem kann das Format noch folgende Metadaten verwalten:

Aufnahmedaten, Keywords, Benutzerkommentare

Mikroskoptyp und Einstellungen

Laser-oder Beleuchtungsstärken

Abmessungen und Maßstäbe

verwendete Kontraste und Objektive

fluoreszierende Farbstoffe und Filter

Tisch- (x,y) und Fokus- (z) Positionen

Kamera- und Detektor-Parameter wie Belichtungswerte, Binning, Bit-Tiefe, Pixel-Verweilzeit

automatische oder benutzerdefinierte Elemente und Anmerkungen

Proben-Barcode-Information

Der Nutzen, diese zusätzlichen Informationen gemeinsam in einer Datei abzuspeichern, steigt natürlich mit der Anzahl von Softwarelösungen, die das Dateiformat unterstützen. Viele Anwendungen mit Mikroskopiebezug haben die Verwendung von CZI-Dateien bereits integriert:

OME Bio-Formats / OMERO

Fiji & ImageJ

Python (via python-bioformats or czifle.py)

CellProfler

Icy

KNIME

MATLAB

Visiopharm

Imaris

Da-Cons

HS-Analysis

arivis Vision4D

MicroBrightfeld

Indica Labs

Image Pro

Amira

Columbus

Definiens

microDimensions

Orbit

QuPath

Wer sich mit der Verwendung des CZI-Formats für die eigene Softwareentwicklung interessiert, kann einen Blick auf folgende Open Source Cross-Platform C++ Bibliothek für CZI-Dateien bei Github werfen: github.com/zeiss-microscopy/libCZI

Zum Anfordern einer detaillierten Dokumentation des CZI-Formats gibt es auch das folgende Formular bei Zeiss: www.zeiss.de/mikroskopie/produkte/mikroskopsoftware/czi/czi-download.html

Und die wohl nützlichste Anlaufstelle für Fragen zu dieser Bibliothek oder dem Dateiformat ist wahrscheinlich das Developer Forum von Zeiss.

forums.zeiss.com/microscopy/community

#software #ZEISS

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